¿Cómo funcionan las pruebas RT-PCR que Salud utiliza para detectar nuevas variantes de coronavirus?

El lunes recién pasado, la ministra de Salud, Amelia Flores, dio a conocer que Guatemala ahora tiene la capacidad de detectar nuevas cepas de coronavirus con pruebas RT-PCR, en tiempo real, de las cuales el país cuenta con al menos ocho mil unidades.

El jefe del Laboratorio Nacional de Salud (LNS), César Roberto Conde, informó este miércoles 21 de abril que con la donación y apoyo de la Organización Panamericana de la Salud (OPS), ahora tienen la capacidad de identificar las variantes de coronavirus británica, brasileña o sudafricana.

“En el caso de las pruebas que hemos venido corriendo solo nos dice si el SARS-CoV-2 está presente o no. En este caso esta técnica es más específica pese a que es un PCR (RT-PCR en tiempo real), también su diana o su objetivo son genes exactos que pertenecen a estas tres variantes y nos pueden diferenciar esto”, dijo Conde, quien destacó que el proceso de obtención de la muestra es igual al que ser realiza en pruebas comunes.

El Ministerio de Salud cree que en Guatemala pueda existir la presencia de alguna otra cepa de mayor impacto como la británica, brasileña o sudafricana, debido a la gran cantidad de casos severos en personas jóvenes que se han comenzado a reportar, “un patrón de comportamiento diferente”, según la ministra Flores.

“Lo que nosotros estamos implementando con apoyo de la Organización Panamericana de la Salud es un nuevo algoritmo con tecnología RT-PCR en tiempo real. La idea que se tiene a grandes rasgos es que como se sabe que de momento son tres las variantes de preocupación, según su linaje – la de Brasil, Reino Unido y Sudáfrica- y estas tienen la capacidad de detectar en una sola reacción los tres genes que pertenecen a estas variantes”, indicó Conde.

La relevancia para determinar si ya están presentes en el país, se debe a que estas cepas son las que más impacto tienen en la salud pública por su nivel de transmisibilidad; además, pueden causar síntomas más severos y llegar a saturar los hospitales, algo que Salud reconoce desde hace unas semanas.

“Hacer un RT-PCR es una técnica que pude llevar 8 a 12 horas, contra la secuenciación que puede llevar de 10 a 20 días, donde solo se puede secuenciar un pequeño grupo de muestras (de 300 a 350), y ahora lo que nosotros pretendemos es aumentar la capacidad de detección de muestras sospechosas o que pueden cumplir los criterios establecidos, donde ya nosotros -LNS- podríamos correr entre mil y mil 200 pruebas al mes y de ser necesario un poco más”, enfatizó Conde.

Cómo funcionan

Según Conde y el Organismo Internacional de Energía Anatómica (IAEAL), la RT-PCR en tiempo real es un método nuclear que detecta la presencia de material genético específico de los patógenos como los virus.

Inicialmente, el método utilizaba marcadores de isótopos radiactivos para detectar materiales genéticos específicos, pero, tras una serie de mejoras, el marcado isotópico se ha sustituido por marcadores especiales que suelen ser colorantes fluorescentes. A diferencia de la RT-PCR convencional, que solo arroja los resultados al final.

“La toma de muestra se hace de la misma manera, hisopando -los mismos que se corren para las PCR- nosotros venimos y tenemos un brote en algún lugar determinado o tenemos una muestra de algún paciente que cumpla los criterios de inclusión se trasladan las muestras, pero hay que tener en cuenta que son pruebas que se desencadenan de las muestras normales como las que ahora se toman y se procesan como siempre”, agregó.

Además, dijo que “si sale positivo y sabemos que puede ser de alguna muestra sospechosa, entonces pasa al siguiente paso de prueba en tiempo real, para ver puede ser alguna nueva variante” y que se determina que hay una nueva cepa “la muestra incluso pasará por el proceso de secuenciación para poder tener toda la información genética del virus”.

La IAEA señala que, para la pronta detección de los virus, como el coronavirus, mediante la RT-PCR en tiempo real, los científicos tienen que convertir el ARN en ADN por medio de un proceso denominado “transcripción inversa”. Esto es necesario porque únicamente el ADN puede copiarse, lo que es una parte fundamental del proceso de RT-PCR en tiempo real utilizado para la detección de virus.

A medida que se producen nuevas copias de las partes del ADN vírico, los marcadores se acoplan a las cadenas de ADN y emiten una fluorescencia, que la computadora del aparato medirá y presentará en tiempo real en la pantalla. La computadora hace un seguimiento de la magnitud de la fluorescencia de la muestra tras cada ciclo. Acá es importante verificar el número de ciclos que se tarda en alcanzar ese nivel para determinar la gravedad de la infección: “mientas menor sea el número de ciclos más grave será la infección vírica”.

¿Quién puede ser candidato?

El RT-PCR en tiempo real no sirve para saber si alguien estuvo infectado por el virus, lo cual es importante para comprender su desarrollo y propagación, ya que los virus solo están presentes en el organismo durante un período determinado. Debido a la cantidad de casos que se están reportando al día y la cantidad de pruebas que se realizan, se ha solicitado a las áreas de Salud y hospitales priorizar muestras sospechosas que cumplan con los siguientes criterios:

• Casos de súper contagioso o muertos en súper contagios
• Departamentos fronterizos o afluencia comercial alta, principalmente en Huehuetenango, San Marcos, Quetzaltenango, Izabal, Petén, Chiquimula, Jutiapa y Zacapa.
• Departamentos con áreas de turismo enfocados en Sololá y Sacatepéquez.
• El aumento de casos graves en niños
• Cuando aparece un caso con sintomatología no reportada por la OMS.
• Casos de reinfecciones
• Cualquier otra indicación que se emita nacional o internacionalmente durante la vigilancia
• Fallecidos o pacientes graves que no presentaban factores de riesgo asociados
• Personas asintomáticas con pruebas positivas covid-19.

Brotes comunitarios

La OPS donó a Guatemala al menos ocho mil pruebas y reactivos para efectuar este tipo de tamizajes e identificaciones. Estas pruebas se irán realizando conforme se reciban las muestras que deberán enviar los hospitales o áreas de Salud a Laboratorio Nacional.

Según Conde, las pruebas de antígeno y PCR que se hacen en el país continuarán. “Esto no cambia nada de eso. En todo caso para nosotros es generar un tamiz previo a la secuenciación y cuando se habla de esto se habla de cantidades más grandes y pasar de secuenciar 300 al mes a más de mil 200 se tienen muchas más posibilidades de poder identificar si existe una de estas nuevas variantes, y ya notificarlo a las autoridades, sobre todo ya que una de las grandes ventajas que nos da es investigar brotes comunitarios, lo que permitiría una toma de acciones y medidas ya focalizada al lugar”, refirió.

“Sí tenemos un brote en algún departamento a nosotros esas muestras no las pueden mandar sabiendo que es un brote o alguna emergencia y desde ese mismo día o al siguiente pueden trabajarse y tener resultados en menos de 24 horas y decir que se tiene un brote de alguna de estas cepas que son de preocupación”.

Prestar atención a pruebas de antígeno

El encargado del LNS señaló que las pruebas de antígeno que funcionan a base de algoritmos que identifican el componente del virus del SARS-CoV-2 como tal, pero que ante la sensibilidad baja que se tiene hay probabilidades de que alguna de falsos negativos.

Se ha pedido desde que se comenzó a hacer los tamizados que si se cree que una persona cumple con todos los síntomas del covid o es sospechoso y aun así da negativo, los resultados e hisopados de estas se pueda trasladar para realizar una prueba PCR.

Las variantes del Sars-Cov-2 han sido separadas en dos tipos: variantes de preocupación o Voc, que presentan un cambio en la epidemiología y generan daños más severos en el organismo, como las cepas de Sudáfrica, Brasil y la británica, y las variantes de interés o Voi, dentro de estas está la de California, que se ha detectado en el país y que se propaga con mayor facilidad.

Laboratorio sin colapsar

En este momento una de las prioridades que Conde señala es que se debe tomar en cuenta que el laboratorio no se encuentra colapsado como ocurrió al inicio de la pandemia y algo que les beneficia es que correr este tipo de pruebas en tiempo real no incluye ningún gasto extra para la cartera, “ya que afortunadamente con el fortalecimiento que se realizó tanto de personal, capacidades técnicas y tecnológicas con equipos y extractores de material genético ya solo se acopla al existente y no se tenía que comprar nada más”.